OpenCOVID-19 : combattre le virus en open source

Nous avons rencontré Thomas Landrain, chercheur soutenu par le Fonds AXA pour la Recherche en 2009 et partisan de longue date de la science dite open source, pour discuter de son dernier projet : une coalition scientifique ouverte est composée de chercheurs, d'ingénieurs, de professionnels de la santé, de codeurs, d'étudiants et de citoyens. Soutenu par le Fonds AXA pour la Recherche, ce programme vise à concevoir des solutions en open source pour la prévention, le diagnostic et le traitement de COVID-19. TOUTES LES ACTUALITÉS  |  Risques et Recherche
24 mars 2020

Thomas, pouvez-vous nous expliquer en quoi consiste l'initiative OpenCOVID-19 ?

L'initiative OpenCOVID-19 cherche à rassembler des individus et des groupes de divers horizons afin de développer les solutions dont nous avons besoin pour faire face à la pandémie de COVID-19 et de développer une base de données complète et ouverte de ces projets. Nous avons divisé nos efforts en trois grands domaines d’action :

  • Prévention : prévenir la propagation du COVID-19 et réduire l'ampleur de la pandémie ;
  • Détection et diagnostic : détecter la présence du SRAS-CoV-2 chez les patients et dans l'environnement ;
  • Traitements et thérapies : développer des solutions pour traiter les symptômes du COVID-19.

À ce jour, plus de 2000 contributeurs de tous les continents ont rejoint le programme. Ils travaillent sur des solutions open source et à faible coût telles que des masques, des ventilateurs, des tests de diagnostic et des applications mobiles aidant les utilisateurs à adopter les bonnes habitudes.

Comment la collaboration est-elle organisée ? 

D'une part, nous avons créé une plateforme scientifique collaborative appelée Just One Giant Lab (JOGL). Cette plateforme est au cœur du programme : tout le monde peut s'y inscrire pour créer un profil et un projet. Et parce que nous connaissons les compétences des membres de la communauté et les besoins des projets, la plateforme JOGL y correspond et permet à chacun de trouver un projet auquel il peut contribuer. Les projets et les contributeurs sont triés par pertinence et les plus pertinents bénéficient d'une plus grande visibilité. En outre, les chefs de projet sont libres d'utiliser tout outil complémentaire pour documenter leurs projets et leurs données, tant que celles-ci restent en open-source. Il s'agit en fait d'un grand centre de recherche composé de professionnels et d'étudiants bénévoles occupant des postes de recherche et d'administration. C'est tout ça que permet JOGL.

D'autre part, l'initiative dispose de différents groupes consultatifs, composés d'experts bénévoles qui apportent des réponses claires et avancées aux questions et aux besoins des projets. Jusqu'à présent, nous disposons d'un conseil de sécurité et de sûreté biologique et de groupes de travail pour les logiciels, la science des données, le matériel et la conception. Pour la gestion du programme et de la communauté, nous avons également des groupes composés de membres de l'équipe JOGL et de volontaires qui ont des compétences en communication et en gestion. Ces groupes de gestion gèrent la coordination, s'assurent que l'information circule bien entre les différents projets et s'occupent de l'intégration des nouveaux participants.

Pourquoi est-il important d'avoir des contributeurs de différents horizons et domaines ?

La crise du COVID-19 ne se soucie pas des disciplines, elle nous pousse à réagir dans des domaines aussi différents que la réanimation, le diagnostic à grande échelle, la propagation de fausses nouvelles, la prévention de la contamination. Pour avoir une réponse globale, nous devons non seulement comprendre le problème, expérimenter et prototyper des solutions, mais aussi fabriquer et distribuer des méthodes et des outils validés, gérer un grand groupe de collaborateurs et de partenaires, tout en maintenant un haut niveau de transparence. Il devient évident que les scientifiques, les ingénieurs, les codeurs, les professionnels de la santé, les concepteurs industriels, les gestionnaires de projets, les gestionnaires de communautés et d'autres encore doivent collaborer pour atteindre nos objectifs.

Quels sont les projets en cours ayant le plus d'impact et quand pouvons-nous attendre un prototype et une éventuelle mise à disposition des solutions ?

La première étape de l'initiative OpenCOVID-19 consiste à identifier ou à créer les bons protocoles et plans. Cette étape nécessite beaucoup de prototypage dans les laboratoires locaux (installations médicales, fablabs, ateliers, laboratoires de R&D, laboratoires communautaires...) avant de converger vers des solutions communes accessibles que nous pouvons produire et mettre à l'échelle. Ces étapes de prototypage et de R&D reposent essentiellement sur l'intelligence collective que permet la plateforme JOGL. Mais les laboratoires locaux devront payer pour les matériaux et les consommables. Nous soutenons les laboratoires locaux en leur donnant accès à l'expertise et aux conseils (par exemple, grâce à notre conseil de sécurité et de sûreté biologique) et aux ressources de nos partenaires tels que le Fonds AXA pour la recherche. 

Le premier résultat de l'initiative OpenCOVID-19 sera la validation des meilleures conceptions open source et à faible coût pour les équipements de protection tels que les masques ou les écrans de protection du visage. Notre rôle est de fournir aux fabricants des lignes directrices claires pour distinguer une conception vraiment bonne d'une conception médiocre.

Il existe actuellement plus de 30 projets liés au COVID-19. Nous attendons beaucoup de la mise au point d'outils de diagnostic peu coûteux, qui seront utiles à la fois pour les tests des patients et pour la surveillance de l'environnement (suivi de la localisation du virus dans les villes). Nous sommes également très confiants dans le développement d'applications qui permettront de suivre la façon dont le virus se déplace et de faire savoir aux gens s'ils ont été potentiellement infectés ou non. Et enfin, le développement de pièces pour des ventilateurs à faible coût qui pourront être déployés facilement.

Une chose est certaine, puisque cette initiative répond au besoin de rapidité dans la lutte contre la pandémie de Covid19, ce qui est produit en ce moment est également un réservoir de connaissances technologiques ouvert, qui pourra servir de base pour combattre une future épidémie. 

Thomas Landrain est co-fondateur et président de JOGL.io - Just One Giant Lab. Thomas Landrain est aujourd'hui l'un des principaux acteurs de la science ouverte (open science) - un principe qu'il s'efforce de promouvoir autant que possible. Il a été soutenu par le Fonds AXA pour la recherche en 2009.

Mots-clés: Risques et Recherche